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1995年8月成立至今,隸屬於慈濟大學醫學院醫學系下之生化學科。
1995年 慈濟大學醫學研究所碩士班設立。
2010學年度 由原『醫學研究所碩士班生物化學組』與『微生物學免疫學暨分子醫學研究所』整併成立『微免暨生物化學研究所』。
2011年8月,微免暨生物化學研究所併入醫學系而成為『醫學系微免暨生物化學碩士班』。
2013年 獲准設立『醫學系生物化學碩士班』。
2014年(103學年度)『醫學系生物化學碩士班』開始招生。
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